Die evangelische Kirchengemeinde pflegt mit den beiden Pfarreien der katholischen Stadtkirche, sowie mit der freikirchlichen Baptistengemeinde gute ökumenische Zusammenarbeit. Eine Reihe von Gottesdiensten und Veranstaltungen werden in zum Teil schon langjähriger Tradition in ökumenischer Verantwortung durchgeführt.

Dazu gehören z.B. die ökumenische Kinderbibelwoche, Inklusionsgottesdienste, Berggottesdienste und der Gottesdienst zum Weltgebetstag, der in jedem Jahr von Frauen aus allen Gemeinden gemeinsam vorbereitet wird.

Die in Geretsried ansässigen Griechen feiern seit 1971 ihren griechisch-orthodoxen Gottesdienst in der Petruskirche. Zwei Ikonen in der Kirche sind Geschenke der griechischen Gemeinde.